 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Tomato miRNA M00014
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UGACAGAAGAUAGAGAGCAC | 20 | miR156/miR157 | S23094797 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 12 | 1.17 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 7 | 0.93 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 4 | 0.47 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 7 | 1.51 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 3510 | 258.9 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 23 | 9.62 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 4 | 4.09 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 255 | 64.18 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 47 | 13.32 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 455 | 116.41 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 127 | 61.18 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 38 | 31.57 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 39 | 22.11 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 56 | 17.28 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 970 | 254.65 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 90 | 26.94 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 420 | 127.11 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 1497 | 451.11 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| ahy-miR156b-5p | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157a-5p | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157b-5p | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157c-5p | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157d-5p | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aqc-miR156a | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aqc-miR156b | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157a | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157c | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157d | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bcy-miR156 | --TGACAGAAGATAGAGAGCAC xx|||||||||||||||||||| TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bgy-miR156 | --TGACAGAAGATAGAGAGCAC xx|||||||||||||||||||| TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156c | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156g | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bol-miR157a | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bra-miR157a | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cca-miR156c | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cme-miR156b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cme-miR156f | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156c | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156d | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156e | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156i | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156j | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156l | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156m | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157a | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| han-miR156c | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156aa | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ab | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ac | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156p | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| CTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156q | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| CTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156r | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| CTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156s | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| CTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156x | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156y | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156z | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156e | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156f | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156h | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| nta-miR156g | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| nta-miR156h | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| nta-miR156i | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| nta-miR156j | TGACAGAAGATAGAGAGCAC |||||||||||||||||||| TGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156g | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156h | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156i | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156j | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156f | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156g | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156h | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156a | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156c | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| smo-miR156b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| CTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156e | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156f | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vun-miR156b | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156f | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156g | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156i | -TGACAGAAGATAGAGAGCAC x|||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
Precursor of miRNA M00014
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch02 | 29897684 | 29897766 | + | UGACAGAAGAUAGAGAGCAC AGAUGAUAAAGUGCAUGGAA AUUGUCUGCACCUUACUCCU UUGUGCUCUUUAUUCUUCUG UCA | -41.30 | NA | structure |
| SL2.40ch03 | 61720040 | 61720156 | + | UGACAGAAGAUAGAGAGCAC AUAUGAUGGAAUGCUGCUGC UGCUGCUGCUAAAUCUGGAG AGUCUUAACAAUAAAAAAAA GCAUUUCACUUCAUUUGUGC UCUCUAUGCUUCCGUCA | -46.30 | NA | structure |
| SL2.40ch02 | 47055513 | 47055594 | + | UGACAGAAGAUAGAGAGCAC GAAUAAUGAGGUGCUAAUUG GAAGCUGCACCUUAAUUCUU UGUGCUCUCUAUUCUUCUGU CA | -46.50 | NA | structure |
| SL2.40ch06 | 39241774 | 39241677 | - | UGACAGAAGAUAGAGAGCAC UAAUGAUGAUAUGCUAAUUU CAUUCAAUUUGGGCAGCAAA AGCAUCUCAAUUCAUUUGUG CUCUCUAUGCUUCUGUCA | -42.74 | NA | structure |
