 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Tomato miRNA M00015
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UUGACAGAAGAUAGAGAGCA | 20 | miR157/miR156 | S25349285 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 19 | 1.85 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 12 | 1.59 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 3 | 0.35 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 43 | 9.26 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 3132 | 231.02 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 45 | 18.82 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 3 | 3.07 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 401 | 100.93 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 31 | 8.79 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 890 | 227.7 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 929 | 447.5 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 267 | 221.81 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 416 | 235.87 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 532 | 164.15 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 1496 | 392.74 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 76 | 22.75 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 191 | 57.8 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 2561 | 771.74 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| ahy-miR156b-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157a-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157b-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157c-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157b | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157c | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bcy-miR156 | -TTGACAGAAGATAGAGAGCA- x||||||||||||||||||||x TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bgy-miR156 | -TTGACAGAAGATAGAGAGCA- x||||||||||||||||||||x TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bol-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bra-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cca-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cme-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156d | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156j | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156l | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156m | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157b | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| han-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ab | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ac | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156j | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156a | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vun-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGCA- ||||||||||||||||||||x TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
Precursor of miRNA M00015
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch02 | 47055512 | 47055595 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CGAAUAAUGAGGUGCUAAUU GGAAGCUGCACCUUAAUUCU UUGUGCUCUCUAUUCUUCUG UCAU | -47.20 | NA | structure |
| SL2.40ch02 | 29897683 | 29897767 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CAGAUGAUAAAGUGCAUGGA AAUUGUCUGCACCUUACUCC UUUGUGCUCUUUAUUCUUCU GUCAU | -42.00 | NA | structure |
| SL2.40ch03 | 61720039 | 61720157 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CAUAUGAUGGAAUGCUGCUG CUGCUGCUGCUAAAUCUGGA GAGUCUUAACAAUAAAAAAA AGCAUUUCACUUCAUUUGUG CUCUCUAUGCUUCCGUCAU | -47.00 | NA | structure |
| SL2.40ch06 | 39241775 | 39241676 | - | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CUAAUGAUGAUAUGCUAAUU UCAUUCAAUUUGGGCAGCAA AAGCAUCUCAAUUCAUUUGU GCUCUCUAUGCUUCUGUCAU | -43.44 | NA | structure |
