 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Tomato miRNA M00016
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UUGACAGAAGAUAGAGAGCAC | 21 | miR157/miR156 | S25349286 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 2515 | 245.07 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 1856 | 246 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 142 | 16.59 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 400 | 86.14 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 396342 | 29234.2 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 1518 | 634.77 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 280 | 286.31 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 5943 | 1495.88 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 938 | 265.85 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 13239 | 3387.06 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 3131 | 1508.2 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 989 | 821.6 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 1655 | 938.39 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 8784 | 2710.25 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 25769 | 6765.06 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 9015 | 2698.32 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 22461 | 6797.64 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 219457 | 66131.5 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| ahy-miR156b-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157a-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157b-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157c-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157b | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157c | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bcy-miR156 | -TTGACAGAAGATAGAGAGCAC x||||||||||||||||||||| TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bgy-miR156 | -TTGACAGAAGATAGAGAGCAC x||||||||||||||||||||| TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bol-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bra-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cca-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cme-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156d | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156j | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156l | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156m | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157b | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| han-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ab | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ac | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156j | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156a | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vun-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGCAC ||||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
Precursor of miRNA M00016
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch03 | 61720039 | 61720157 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CAUAUGAUGGAAUGCUGCUG CUGCUGCUGCUAAAUCUGGA GAGUCUUAACAAUAAAAAAA AGCAUUUCACUUCAUUUGUG CUCUCUAUGCUUCCGUCAU | -47.00 | NA | structure |
| SL2.40ch02 | 47055512 | 47055595 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CGAAUAAUGAGGUGCUAAUU GGAAGCUGCACCUUAAUUCU UUGUGCUCUCUAUUCUUCUG UCAU | -47.20 | NA | structure |
| SL2.40ch02 | 29897683 | 29897767 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CAGAUGAUAAAGUGCAUGGA AAUUGUCUGCACCUUACUCC UUUGUGCUCUUUAUUCUUCU GUCAU | -42.00 | NA | structure |
| SL2.40ch06 | 39241775 | 39241676 | - | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CUAAUGAUGAUAUGCUAAUU UCAUUCAAUUUGGGCAGCAA AAGCAUCUCAAUUCAUUUGU GCUCUCUAUGCUUCUGUCAU | -43.44 | NA | structure |
