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Tomato miRNA M00026
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UGGAGAAGCAGGGCACGUGCAA | 22 | miR164 | S23655831 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 1 | 0.1 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 12 | 1.59 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 8 | 0.93 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 268 | 112.07 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 43 | 43.97 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 294 | 74 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 92 | 26.07 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 14 | 3.58 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 60 | 28.9 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 7 | 5.82 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 17 | 9.64 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 89 | 27.46 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 52 | 13.65 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 13 | 3.89 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 8 | 2.42 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| aly-miR164a-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| aly-miR164b-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ath-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ath-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| bdi-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| bdi-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| bdi-miR164e | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| bna-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| bra-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| cme-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| cme-miR164d | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| csi-miR164 | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ctr-miR164 | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ghr-miR164 | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA ||||||||||||||||||||xx TGGAGAAGCAGGGCACGTGC-- |
| gma-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA ||||||||||||||||||||xx TGGAGAAGCAGGGCACGTGC-- |
| gma-miR164d | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA ||||||||||||||||||||xx TGGAGAAGCAGGGCACGTGC-- |
| gma-miR164e | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164f | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164g | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164h | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164i | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164j | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| gma-miR164k | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mdm-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mdm-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mdm-miR164d | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mdm-miR164e | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mdm-miR164f | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mtr-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mtr-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| mtr-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| nta-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| nta-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| osa-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| osa-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| osa-miR164f | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ptc-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ptc-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ptc-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ptc-miR164d | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ptc-miR164e | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| rco-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| rco-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| rco-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| sbi-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| sbi-miR164d | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| sbi-miR164e | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ssl-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| ssl-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| tae-miR164 | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| tcc-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| tcc-miR164b | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| vvi-miR164a | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| vvi-miR164c | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| vvi-miR164d | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| zma-miR164a-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| zma-miR164b-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| zma-miR164c-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| zma-miR164d-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
| zma-miR164g-5p | TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAA |||||||||||||||||||||x TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA- |
Precursor of miRNA M00026
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch01 | 81732061 | 81732152 | + | UGGAGAAGCAGGGCACGUGC AAAUUCUUGUAUUCGACAAU AUAUGCAUUACUAAUGGUAA UGCAUGAAUUUUGCACGUGU UCUCCUUCUCCA | -46.80 | NA | structure |
