Tomato miRNA M00026

sequenceLengthmiRNA familysRNA IDtarget
UGGAGAAGCAGGGCACGUGCAA22miR164 S23655831 click here

Digital expression

SampleNo. raw readsRPM
IDOrganismCultivarTissue
S0739Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, red ripe (52 days after anthesis)10.1
S0738Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, breaker (42 days after anthesis)121.59
S0737Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, mature green (39 days after anthesis)80.93
S0716Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 7 days post breaker268112.07
S0715Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 5 days post breaker4343.97
S0714Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 3 days post breaker29474
S0713Solanum lycopersicumMicroTom fruit , breaker stage9226.07
S0712Solanum lycopersicumMicroTom fruit , mature green143.58
S0711Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 11mm to 14mm in diameter6028.9
S0710Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 5mm to 7mm in diameter75.82
S0709Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 1mm to 3mm in diameter179.64
S0708Solanum lycopersicumMicroTom flower, open8927.46
S0707Solanum lycopersicumMicroTom flower bud, closed bud before flower blooming5213.65
S0373Solanum lycopersicumHeinz 1706fruit133.89
S0372Solanum lycopersicumHeinz 1706flower82.42

Hits on known miRNAs

hit miRNAalignment
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Precursor of miRNA M00026

genome hit of precursorprecursor
sequence IDstartendstrandsequence folding
energy
miRNA*structure
SL2.40ch018173206181732152+ UGGAGAAGCAGGGCACGUGC
AA
AUUCUUGUAUUCGACAAU
AUAUGCAUUACUAAUGGUAA
UGCAUGAAUUUUGCACGUGU
UCUCCUUCUCCA
-46.80NA structure