Tomato miRNA M00029

sequenceLengthmiRNA familysRNA IDtarget
UCGGACCAGGCUUCAUUCC19miR166 S22433643 click here

Digital expression

SampleNo. raw readsRPM
IDOrganismCultivarTissue
S0739Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, red ripe (52 days after anthesis)50.49
S0738Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, breaker (42 days after anthesis)50.66
S0737Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, mature green (39 days after anthesis)40.47
S0736Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, immature (17 days after anthesis)245.17
S0735Solanum lycopersicumSunnyleaf , TSWV-infected3476256.39
S0734Solanum lycopersicumIL8-3-1seedlings, two-week-old 742571.8
S0733Solanum lycopersicumIL8-3seedlings, two-week-old 962729.78
S0732Solanum lycopersicumIL8-2-1seedlings, two-week-old 673479.47
S0731Solanum lycopersicumIL8-2seedlings, two-week-old 555408.74
S0730Solanum lycopersicumIL8-1-3seedlings, two-week-old 972606.92
S0729Solanum lycopersicumIL8-1Dseedlings, two-week-old 1055672.08
S0728Solanum lycopersicumIL8-1-1seedlings, two-week-old 883581.94
S0727Solanum lycopersicumIL2-5seedlings, two-week-old 912557.55
S0726Solanum lycopersicumIL1-1seedlings, two-week-old 757453.15
S0725Solanum lycopersicum x S. pennelliiM82 x LA716 (F2)seedlings, two-week-old , replicate317101668.45
S0724Solanum lycopersicum x S. pennelliiM82 x LA716 (F2)seedlings, two-week-old , replicate227661614.72
S0723Solanum lycopersicum x S. pennelliiM82 x LA716 (F2)seedlings, two-week-old , replicate126682617.14
S0722Solanum lycopersicum x S. pennelliiM82 x LA716 (F1)seedlings, two-week-old , replicate240692877.73
S0721Solanum lycopersicum x S. pennelliiM82 x LA716 (F1)seedlings, two-week-old , replicate1158172
S0720Solanum pennelliiLA716seedlings, two-week-old , replicate2314300.01
S0719Solanum pennelliiLA716seedlings, two-week-old , replicate13941138.16
S0718Solanum lycopersicumM82seedlings, two-week-old , replicate2223155.35
S0717Solanum lycopersicumM82seedlings, two-week-old , replicate1362483.07
S0716Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 7 days post breaker15263.56
S0715Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 5 days post breaker1313.29
S0714Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 3 days post breaker402101.19
S0713Solanum lycopersicumMicroTom fruit , breaker stage30586.44
S0712Solanum lycopersicumMicroTom fruit , mature green531135.85
S0711Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 11mm to 14mm in diameter1137547.69
S0710Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 5mm to 7mm in diameter343284.94
S0709Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 1mm to 3mm in diameter533302.21
S0708Solanum lycopersicumMicroTom flower, open1062327.67
S0707Solanum lycopersicumMicroTom flower bud, closed bud before flower blooming1438377.51
S0373Solanum lycopersicumHeinz 1706fruit759227.18
S0372Solanum lycopersicumHeinz 1706flower42331281.08
S0371Solanum lycopersicumHeinz 1706leaf2061621.07

Hits on known miRNAs

hit miRNAalignment
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Precursor of miRNA M00029

genome hit of precursorprecursor
sequence IDstartendstrandsequence folding
energy
miRNA*structure
SL2.40ch063313028833130381+ GGAAUGUUGUUUGGUUCGAA
AUCAUUCAAACAAAUUAAAA
UUCAUGCAUCUCGAUGAUCG
AUGAAUUGAAUAAUUUCGGA
CCAGGCUUCAUUCC
-34.50NA structure
SL2.40ch0829784282978510+ GGAAUGUUGUUUGGCUCGAG
GCCACCAACUUCAUCUAAUG
UGAGCAAACUCUUUGUUAGU
GUCGUCGGACCAGGCUUCAU
UCC
-26.90NA structure
SL2.40ch03293066292999- AGAAUGUUGUCUGGUUCGUG
ACCAUAUAUCUUUCUUCACA
UAAAUGAUCUCGGACCAGGC
UUCAUUCC
-24.90NA structure
SL2.40ch096444682264446636- AGAAUGUUGUCUGGUUCGAA
AUCUUUCUAUAGAAAAAUCA
GUGGUGGAUUCAGUUAUGAG
UUUCAAGAUCGUUAAAUCUU
AUAUAUGUACAAAAAUAAGU
ACAAUAUAUAUUUUUAGACC
CUAAAAUGUCGAAUAUAUAU
UCUGAAUUCGUCAAUUUAUU
GAGUGAUUUCGGACCAGGCU
UCAUUCC
-56.20miRNA* structure
SL2.40ch0625163872516291- AGAAUGUCGUCUGGUUCGAG
AUCUUUCAUAAGAAAGGUAA
AUGAAUGACAAGUUUUCAUA
UAUGUAUCGUGAAUGAUUUC
GGACCAGGCUUCAUUCC
-39.50NA structure
SL2.40ch034602369546023563- GGAAUGUUGUUUGGCUCGAA
GUCAUUAUCUCAUUAUAGAU
CGAACCAAUCCAAUUUUAUA
UAUUCAAUCUAGUUUAAAAU
AUAUGUGAAUUACGAUGAUG
AUGAGAUAGUGUCUUCGGAC
CAGGCUUCAUUCC
-48.69miRNA* structure
SL2.40ch018438205284381910- GGGAUGUUGUCUGGCUCGAC
ACAAUUACUCUAUUGUAUGU
AUUUAGUUAUUCGUUAUCAA
GAUUGAUGUCGAUAACGAAU
AAAUUAAACACAUAUAUACA
AGAUGUAAAAAGGGAGUAAA
GGCGUCGGACCAGGCUUCAU
UCC
-56.60miRNA* structure