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Tomato miRNA M00029
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UCGGACCAGGCUUCAUUCC | 19 | miR166 | S22433643 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 5 | 0.49 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 5 | 0.66 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 4 | 0.47 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 24 | 5.17 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 3476 | 256.39 |
| S0734 | Solanum lycopersicum | IL8-3-1 | seedlings, two-week-old | 742 | 571.8 |
| S0733 | Solanum lycopersicum | IL8-3 | seedlings, two-week-old | 962 | 729.78 |
| S0732 | Solanum lycopersicum | IL8-2-1 | seedlings, two-week-old | 673 | 479.47 |
| S0731 | Solanum lycopersicum | IL8-2 | seedlings, two-week-old | 555 | 408.74 |
| S0730 | Solanum lycopersicum | IL8-1-3 | seedlings, two-week-old | 972 | 606.92 |
| S0729 | Solanum lycopersicum | IL8-1D | seedlings, two-week-old | 1055 | 672.08 |
| S0728 | Solanum lycopersicum | IL8-1-1 | seedlings, two-week-old | 883 | 581.94 |
| S0727 | Solanum lycopersicum | IL2-5 | seedlings, two-week-old | 912 | 557.55 |
| S0726 | Solanum lycopersicum | IL1-1 | seedlings, two-week-old | 757 | 453.15 |
| S0725 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F2) | seedlings, two-week-old , replicate3 | 1710 | 1668.45 |
| S0724 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F2) | seedlings, two-week-old , replicate2 | 2766 | 1614.72 |
| S0723 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F2) | seedlings, two-week-old , replicate1 | 2668 | 2617.14 |
| S0722 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F1) | seedlings, two-week-old , replicate2 | 4069 | 2877.73 |
| S0721 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F1) | seedlings, two-week-old , replicate1 | 158 | 172 |
| S0720 | Solanum pennellii | LA716 | seedlings, two-week-old , replicate2 | 314 | 300.01 |
| S0719 | Solanum pennellii | LA716 | seedlings, two-week-old , replicate1 | 394 | 1138.16 |
| S0718 | Solanum lycopersicum | M82 | seedlings, two-week-old , replicate2 | 223 | 155.35 |
| S0717 | Solanum lycopersicum | M82 | seedlings, two-week-old , replicate1 | 362 | 483.07 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 152 | 63.56 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 13 | 13.29 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 402 | 101.19 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 305 | 86.44 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 531 | 135.85 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 1137 | 547.69 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 343 | 284.94 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 533 | 302.21 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 1062 | 327.67 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 1438 | 377.51 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 759 | 227.18 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 4233 | 1281.08 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 2061 | 621.07 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| aly-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| aly-miR166d-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166e-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166f-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166g-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| aqc-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCC- |||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCT |
| aqc-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCTC |
| aqc-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| bdi-miR166e | -TCGGACCAGGCTTCATTCC- x|||||||||||||||||||x CTCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| bdi-miR166f | --TCGGACCAGGCTTCATTCC xx||||||||||||||||||| TCTCGGACCAGGCTTCATTCC |
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| cme-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| csi-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCC--- |||||||||||||||||||xxx TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| csi-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCC--- |||||||||||||||||||xxx TCGGACCAGGCTTCATTCCCGT |
| csi-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCC- |||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| csi-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCT |
| csi-miR166e-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| gma-miR166h-3p | --TCGGACCAGGCTTCATTCC xx||||||||||||||||||| TCTCGGACCAGGCTTCATTCC |
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| gma-miR166k | --TCGGACCAGGCTTCATTCC xx||||||||||||||||||| TCTCGGACCAGGCTTCATTCC |
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| zma-miR166h-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC- |||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166i-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC- |||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166l-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCTC |
| zma-miR166m-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCC-- |||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCTC |
Precursor of miRNA M00029
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch06 | 33130288 | 33130381 | + | GGAAUGUUGUUUGGUUCGAA AUCAUUCAAACAAAUUAAAA UUCAUGCAUCUCGAUGAUCG AUGAAUUGAAUAAUUUCGGA CCAGGCUUCAUUCC | -34.50 | NA | structure |
| SL2.40ch08 | 2978428 | 2978510 | + | GGAAUGUUGUUUGGCUCGAG GCCACCAACUUCAUCUAAUG UGAGCAAACUCUUUGUUAGU GUCGUCGGACCAGGCUUCAU UCC | -26.90 | NA | structure |
| SL2.40ch03 | 293066 | 292999 | - | AGAAUGUUGUCUGGUUCGUG ACCAUAUAUCUUUCUUCACA UAAAUGAUCUCGGACCAGGC UUCAUUCC | -24.90 | NA | structure |
| SL2.40ch09 | 64446822 | 64446636 | - | AGAAUGUUGUCUGGUUCGAA AUCUUUCUAUAGAAAAAUCA GUGGUGGAUUCAGUUAUGAG UUUCAAGAUCGUUAAAUCUU AUAUAUGUACAAAAAUAAGU ACAAUAUAUAUUUUUAGACC CUAAAAUGUCGAAUAUAUAU UCUGAAUUCGUCAAUUUAUU GAGUGAUUUCGGACCAGGCU UCAUUCC | -56.20 | miRNA* | structure |
| SL2.40ch06 | 2516387 | 2516291 | - | AGAAUGUCGUCUGGUUCGAG AUCUUUCAUAAGAAAGGUAA AUGAAUGACAAGUUUUCAUA UAUGUAUCGUGAAUGAUUUC GGACCAGGCUUCAUUCC | -39.50 | NA | structure |
| SL2.40ch03 | 46023695 | 46023563 | - | GGAAUGUUGUUUGGCUCGAA GUCAUUAUCUCAUUAUAGAU CGAACCAAUCCAAUUUUAUA UAUUCAAUCUAGUUUAAAAU AUAUGUGAAUUACGAUGAUG AUGAGAUAGUGUCUUCGGAC CAGGCUUCAUUCC | -48.69 | miRNA* | structure |
| SL2.40ch01 | 84382052 | 84381910 | - | GGGAUGUUGUCUGGCUCGAC ACAAUUACUCUAUUGUAUGU AUUUAGUUAUUCGUUAUCAA GAUUGAUGUCGAUAACGAAU AAAUUAAACACAUAUAUACA AGAUGUAAAAAGGGAGUAAA GGCGUCGGACCAGGCUUCAU UCC | -56.60 | miRNA* | structure |
