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Tomato miRNA M00030
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UCGGACCAGGCUUCAUUCCC | 20 | miR166 | S22433644 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 8 | 0.78 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 8 | 1.06 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 252 | 29.44 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 853 | 183.69 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 1840 | 135.72 |
| S0734 | Solanum lycopersicum | IL8-3-1 | seedlings, two-week-old | 140 | 107.89 |
| S0733 | Solanum lycopersicum | IL8-3 | seedlings, two-week-old | 84 | 63.72 |
| S0732 | Solanum lycopersicum | IL8-2-1 | seedlings, two-week-old | 48 | 34.2 |
| S0731 | Solanum lycopersicum | IL8-2 | seedlings, two-week-old | 57 | 41.98 |
| S0730 | Solanum lycopersicum | IL8-1-3 | seedlings, two-week-old | 119 | 74.3 |
| S0729 | Solanum lycopersicum | IL8-1D | seedlings, two-week-old | 114 | 72.62 |
| S0728 | Solanum lycopersicum | IL8-1-1 | seedlings, two-week-old | 100 | 65.91 |
| S0727 | Solanum lycopersicum | IL2-5 | seedlings, two-week-old | 119 | 72.75 |
| S0726 | Solanum lycopersicum | IL1-1 | seedlings, two-week-old | 86 | 51.48 |
| S0725 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F2) | seedlings, two-week-old , replicate3 | 124 | 120.99 |
| S0724 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F2) | seedlings, two-week-old , replicate2 | 245 | 143.02 |
| S0723 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F2) | seedlings, two-week-old , replicate1 | 180 | 176.57 |
| S0722 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F1) | seedlings, two-week-old , replicate2 | 252 | 178.22 |
| S0721 | Solanum lycopersicum x S. pennellii | M82 x LA716 (F1) | seedlings, two-week-old , replicate1 | 40 | 43.54 |
| S0720 | Solanum pennellii | LA716 | seedlings, two-week-old , replicate2 | 63 | 60.19 |
| S0719 | Solanum pennellii | LA716 | seedlings, two-week-old , replicate1 | 61 | 176.21 |
| S0718 | Solanum lycopersicum | M82 | seedlings, two-week-old , replicate2 | 40 | 27.87 |
| S0717 | Solanum lycopersicum | M82 | seedlings, two-week-old , replicate1 | 62 | 82.73 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 44 | 18.4 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 13 | 13.29 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 280 | 70.48 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 53 | 15.02 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 368 | 94.15 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 963 | 463.88 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 283 | 235.1 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 308 | 174.64 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 63 | 19.44 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 136 | 35.7 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 542 | 162.23 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 771 | 233.34 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 713 | 214.86 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| aly-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166b-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166c-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166d-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166e-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166f-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166g-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166e | -TCGGACCAGGCTTCATTCCC x|||||||||||||||||||| CTCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| bna-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| cme-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| crt-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC-- ||||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCGT |
| crt-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC-- ||||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCTT |
| csi-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC-- ||||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| csi-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC-- ||||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCGT |
| csi-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| csi-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCT |
| csi-miR166e-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ctr-miR166 | TCGGACCAGGCTTCATTCCC-- ||||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| dpr-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ghr-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166c-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166i-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166j-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCG |
| gma-miR166n | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166o | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| gma-miR166q | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| gma-miR166r | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| gma-miR166s | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| gma-miR166t | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| hbr-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC-- ||||||||||||||||||||xx TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| hpa-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hpe-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| hvu-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| mdm-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166i | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mes-miR166 | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| ptc-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| ptc-miR166l | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166m | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pvu-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| rco-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| rco-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| ssl-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| tcc-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
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| vvi-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
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| vvi-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| zma-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC- ||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| zma-miR166b-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166c-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166d-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166g-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166h-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
| zma-miR166i-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCC |||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCC |
Precursor of miRNA M00030
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch06 | 33130287 | 33130382 | + | GGGAAUGUUGUUUGGUUCGA AAUCAUUCAAACAAAUUAAA AUUCAUGCAUCUCGAUGAUC GAUGAAUUGAAUAAUUUCGG ACCAGGCUUCAUUCCC | -37.80 | NA | structure |
| SL2.40ch08 | 2978427 | 2978511 | + | GGGAAUGUUGUUUGGCUCGA GGCCACCAACUUCAUCUAAU GUGAGCAAACUCUUUGUUAG UGUCGUCGGACCAGGCUUCA UUCCC | -30.20 | NA | structure |
| SL2.40ch03 | 46023696 | 46023562 | - | GGGAAUGUUGUUUGGCUCGA AGUCAUUAUCUCAUUAUAGA UCGAACCAAUCCAAUUUUAU AUAUUCAAUCUAGUUUAAAA UAUAUGUGAAUUACGAUGAU GAUGAGAUAGUGUCUUCGGA CCAGGCUUCAUUCCC | -51.99 | miRNA* | structure |
| SL2.40ch03 | 293067 | 292998 | - | GAGAAUGUUGUCUGGUUCGU GACCAUAUAUCUUUCUUCAC AUAAAUGAUCUCGGACCAGG CUUCAUUCCC | -24.90 | NA | structure |
| SL2.40ch09 | 64446823 | 64446635 | - | GAGAAUGUUGUCUGGUUCGA AAUCUUUCUAUAGAAAAAUC AGUGGUGGAUUCAGUUAUGA GUUUCAAGAUCGUUAAAUCU UAUAUAUGUACAAAAAUAAG UACAAUAUAUAUUUUUAGAC CCUAAAAUGUCGAAUAUAUA UUCUGAAUUCGUCAAUUUAU UGAGUGAUUUCGGACCAGGC UUCAUUCCC | -56.20 | miRNA* | structure |
| SL2.40ch06 | 2516388 | 2516290 | - | GAGAAUGUCGUCUGGUUCGA GAUCUUUCAUAAGAAAGGUA AAUGAAUGACAAGUUUUCAU AUAUGUAUCGUGAAUGAUUU CGGACCAGGCUUCAUUCCC | -39.50 | NA | structure |
