Tomato miRNA M00046

sequenceLengthmiRNA familysRNA IDtarget
AGAAUCUUGAUGAUGCUGCAU21miR172 S06141816 click here

Digital expression

SampleNo. raw readsRPM
IDOrganismCultivarTissue
S0739Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, red ripe (52 days after anthesis)1752170.72
S0738Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, breaker (42 days after anthesis)46461.5
S0737Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, mature green (39 days after anthesis)1827213.43
S0736Solanum lycopersicumAilsa Craigfruit, immature (17 days after anthesis)61.29
S0735Solanum lycopersicumSunnyleaf , TSWV-infected7596560.28
S0716Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 7 days post breaker83.35
S0714Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 3 days post breaker266.54
S0713Solanum lycopersicumMicroTom fruit , breaker stage51.42
S0712Solanum lycopersicumMicroTom fruit , mature green215.37
S0711Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 11mm to 14mm in diameter178.19
S0709Solanum lycopersicumMicroTom fruit , 1mm to 3mm in diameter84.54
S0708Solanum lycopersicumMicroTom flower, open7523.14
S0707Solanum lycopersicumMicroTom flower bud, closed bud before flower blooming5414.18
S0373Solanum lycopersicumHeinz 1706fruit41291235.87
S0372Solanum lycopersicumHeinz 1706flower2160653.71
S0371Solanum lycopersicumHeinz 1706leaf44611344.28

Hits on known miRNAs

hit miRNAalignment
aau-miR172--AGAATCTTGATGATGCTGCAT
xx|||||||||||||||||||||
TGAGAATCTTGATGATGCTGCAT
aly-miR172a-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
aly-miR172b-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
aqc-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ata-miR172--AGAATCTTGATGATGCTGCAT
xx|||||||||||||||||||||
TGAGAATCTTGATGATGCTGCAT
ath-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ath-miR172b-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
bdi-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
bna-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
bol-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
bol-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
bra-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
bra-miR172b-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
cca-miR172AGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
cme-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
cme-miR172cAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
dpr-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
dpr-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
egu-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
egu-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
egu-miR172cAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
gma-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
gma-miR172b-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
gma-miR172h-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mdm-miR172dAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mdm-miR172eAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mdm-miR172fAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mdm-miR172gAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mdm-miR172hAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mes-miR172AGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mtr-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
mtr-miR172c-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172cAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172dAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172eAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172fAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172gAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172hAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
nta-miR172iAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
osa-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
osa-miR172d-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ptc-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ptc-miR172b-3pAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ptc-miR172cAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ptc-miR172fAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
sly-miR172aAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
sly-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
ssl-miR172AGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
tcc-miR172bAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
tcc-miR172eAGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
vun-miR172AGAATCTTGATGATGCTGCAT
|||||||||||||||||||||
AGAATCTTGATGATGCTGCAT
vvi-miR172d--AGAATCTTGATGATGCTGCAT
xx|||||||||||||||||||||
TGAGAATCTTGATGATGCTGCAT

Precursor of miRNA M00046

genome hit of precursorprecursor
sequence IDstartendstrandsequence folding
energy
miRNA*structure
SL2.40ch115148120951481343+ AUGUAGCAUCAUCAAGAUUC
AUACAUGAAAAUUAAGAGGC
AAGGUUAAAUAUGUAGCUUU
AAUUUGAAAUGAAAAAUAUA
AUAUAUCAUGACCAUGUCUA
UUUAUUUCAAAGUGAGAAUC
UUGAUGAUGCUGCAU
-47.50NA structure
SL2.40ch1126345202634641+ CUGCAGCAUCAUCAAGAUUC
ACAUAAAAUAGAAAUAAUAU
GGAGUAGGAAAAAAAAUCAA
GUUGCUUCUAAAUUCCAUAU
UAUUAUUUUUUUUCAAAAAU
GAGAAUCUUGAUGAUGCUGC
AU
-47.10NA structure
SL2.40ch056433968064339765+ GUGCAGCACCAUUAAGAUUC
ACAUAGAAAAUAUGGAACGA
AAUUUGCUCAAUUUUUCAAU
AUAUGAGAAUCUUGAUGAUG
CUGCAU
-31.60NA structure
SL2.40ch064291873642918841+ AUGUGGCAUAAUCAAGAUUC
ACGUGAAAAGUUGCAAAUUG
GUUAUAUAAUUGAUGAAAUU
AAUGGCUGGCUAUUUGAAAC
UCACGAGAAUCUUGAUGAUG
CUGCAU
-39.80NA structure