 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Tomato miRNA M00013
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| UUGACAGAAGAUAGAGAGC | 19 | miR156/miR157 | S25349284 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 1 | 0.1 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 1 | 0.13 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 1 | 0.22 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 447 | 32.97 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 16 | 6.69 |
| S0715 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5 days post breaker | 7 | 7.16 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 355 | 89.36 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 20 | 5.67 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 591 | 151.2 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 812 | 391.14 |
| S0710 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 5mm to 7mm in diameter | 225 | 186.92 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 415 | 235.31 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 181 | 55.85 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 628 | 164.87 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 9 | 2.69 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 36 | 10.9 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 326 | 98.24 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| ahy-miR156b-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157a-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157b-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| aly-miR157c-5p | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157b | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ath-miR157c | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bcy-miR156 | -TTGACAGAAGATAGAGAGC-- x|||||||||||||||||||xx TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bgy-miR156 | -TTGACAGAAGATAGAGAGC-- x|||||||||||||||||||xx TTTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bna-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bol-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| bra-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cca-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| cme-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156d | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156j | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156l | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gma-miR156m | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157a | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| gra-miR157b | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| han-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| hbr-miR156 | TTGACAGAAGATAGAGAGC ||||||||||||||||||| TTGACAGAAGATAGAGAGC |
| mdm-miR156ab | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mdm-miR156ac | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| mtr-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| ptc-miR156j | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| rco-miR156h | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156a | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| sly-miR156c | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156e | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| tcc-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vun-miR156b | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156f | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156g | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
| vvi-miR156i | TTGACAGAAGATAGAGAGC-- |||||||||||||||||||xx TTGACAGAAGATAGAGAGCAC |
Precursor of miRNA M00013
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch02 | 47055512 | 47055595 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CGAAUAAUGAGGUGCUAAUU GGAAGCUGCACCUUAAUUCU UUGUGCUCUCUAUUCUUCUG UCAU |
-47.20 | NA | structure |
| SL2.40ch02 | 29897683 | 29897767 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CAGAUGAUAAAGUGCAUGGA AAUUGUCUGCACCUUACUCC UUUGUGCUCUUUAUUCUUCU GUCAU |
-42.00 | NA | structure |
| SL2.40ch03 | 61720039 | 61720157 | + | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CAUAUGAUGGAAUGCUGCUG CUGCUGCUGCUAAAUCUGGA GAGUCUUAACAAUAAAAAAA AGCAUUUCACUUCAUUUGUG CUCUCUAUGCUUCCGUCAU |
-47.00 | NA | structure |
| SL2.40ch06 | 39241775 | 39241676 | - | UUGACAGAAGAUAGAGAGCA CUAAUGAUGAUAUGCUAAUU UCAUUCAAUUUGGGCAGCAA AAGCAUCUCAAUUCAUUUGU GCUCUCUAUGCUUCUGUCAU |
-43.44 | NA | structure |
