| Sample | No. raw reads | RPM |
| ID | Organism | Cultivar | Tissue |
| S0739 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, red ripe (52 days after anthesis) |
13 |
1.27 |
| S0738 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, breaker (42 days after anthesis) |
9 |
1.19 |
| S0737 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, mature green (39 days after anthesis) |
51 |
5.96 |
| S0736 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, immature (17 days after anthesis) |
205 |
44.15 |
| S0735 |
Solanum lycopersicum |
Sunny |
leaf , TSWV-infected |
151 |
11.14 |
| S0734 |
Solanum lycopersicum |
IL8-3-1 |
seedlings, two-week-old |
24 |
18.49 |
| S0733 |
Solanum lycopersicum |
IL8-3 |
seedlings, two-week-old |
17 |
12.9 |
| S0732 |
Solanum lycopersicum |
IL8-2-1 |
seedlings, two-week-old |
10 |
7.12 |
| S0731 |
Solanum lycopersicum |
IL8-2 |
seedlings, two-week-old |
10 |
7.36 |
| S0730 |
Solanum lycopersicum |
IL8-1-3 |
seedlings, two-week-old |
17 |
10.61 |
| S0729 |
Solanum lycopersicum |
IL8-1D |
seedlings, two-week-old |
36 |
22.93 |
| S0728 |
Solanum lycopersicum |
IL8-1-1 |
seedlings, two-week-old |
17 |
11.2 |
| S0727 |
Solanum lycopersicum |
IL2-5 |
seedlings, two-week-old |
37 |
22.62 |
| S0726 |
Solanum lycopersicum |
IL1-1 |
seedlings, two-week-old |
24 |
14.37 |
| S0725 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F2) |
seedlings, two-week-old , replicate3 |
1 |
0.98 |
| S0724 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F2) |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
8 |
4.67 |
| S0723 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F2) |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
1 |
0.98 |
| S0722 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F1) |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
1 |
0.71 |
| S0721 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F1) |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
11 |
11.97 |
| S0720 |
Solanum pennellii |
LA716 |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
7 |
6.69 |
| S0719 |
Solanum pennellii |
LA716 |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
10 |
28.89 |
| S0718 |
Solanum lycopersicum |
M82 |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
8 |
5.57 |
| S0717 |
Solanum lycopersicum |
M82 |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
2 |
2.67 |
| S0716 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 7 days post breaker |
20 |
8.36 |
| S0715 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 5 days post breaker |
4 |
4.09 |
| S0714 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 3 days post breaker |
85 |
21.39 |
| S0713 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , breaker stage |
13 |
3.68 |
| S0712 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , mature green |
89 |
22.77 |
| S0711 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 11mm to 14mm in diameter |
28 |
13.49 |
| S0710 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 5mm to 7mm in diameter |
9 |
7.48 |
| S0709 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 1mm to 3mm in diameter |
6 |
3.4 |
| S0708 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
flower, open |
2 |
0.62 |
| S0707 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
flower bud, closed bud before flower blooming |
51 |
13.39 |
| S0373 |
Solanum lycopersicum |
Heinz 1706 |
fruit |
691 |
206.83 |
| S0372 |
Solanum lycopersicum |
Heinz 1706 |
flower |
331 |
100.17 |
| S0371 |
Solanum lycopersicum |
Heinz 1706 |
leaf |
602 |
181.41 |
| hit miRNA | alignment |
|---|
| aly-miR166a-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166b-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166c-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166d-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166e-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166f-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166g-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| csi-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC- xx|||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| csi-miR166e-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ctr-miR166 | --GGACCAGGCTTCATTCCCC- xx|||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| dpr-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ghr-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166a-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166c-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166i-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166m | -GGACCAGGCTTCATTCCCC x||||||||||||||||||| CGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166n | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166o | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hbr-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC- xx|||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| hpa-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hpe-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166i | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mes-miR166 | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166a-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166b-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166c-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166d-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166n-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166i | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pta-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pta-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166i | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166j | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166k | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166l | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166m | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pvu-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| sly-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| sly-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| smo-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| smo-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| smo-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ssl-miR166b | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| tcc-miR166a | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| tcc-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166c | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166d | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166e | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166f | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166g | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166h | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| zma-miR166a-3p | --GGACCAGGCTTCATTCCCC xx||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |