| Sample | No. raw reads | RPM |
| ID | Organism | Cultivar | Tissue |
| S0739 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, red ripe (52 days after anthesis) |
1487 |
144.9 |
| S0738 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, breaker (42 days after anthesis) |
1133 |
150.17 |
| S0737 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, mature green (39 days after anthesis) |
6736 |
786.91 |
| S0736 |
Solanum lycopersicum |
Ailsa Craig |
fruit, immature (17 days after anthesis) |
24621 |
5301.96 |
| S0735 |
Solanum lycopersicum |
Sunny |
leaf , TSWV-infected |
299402 |
22083.9 |
| S0734 |
Solanum lycopersicum |
IL8-3-1 |
seedlings, two-week-old |
9751 |
7514.27 |
| S0733 |
Solanum lycopersicum |
IL8-3 |
seedlings, two-week-old |
8157 |
6187.95 |
| S0732 |
Solanum lycopersicum |
IL8-2-1 |
seedlings, two-week-old |
5443 |
3877.79 |
| S0731 |
Solanum lycopersicum |
IL8-2 |
seedlings, two-week-old |
4035 |
2971.68 |
| S0730 |
Solanum lycopersicum |
IL8-1-3 |
seedlings, two-week-old |
9071 |
5663.99 |
| S0729 |
Solanum lycopersicum |
IL8-1D |
seedlings, two-week-old |
8544 |
5442.89 |
| S0728 |
Solanum lycopersicum |
IL8-1-1 |
seedlings, two-week-old |
8474 |
5584.79 |
| S0727 |
Solanum lycopersicum |
IL2-5 |
seedlings, two-week-old |
9195 |
5621.34 |
| S0726 |
Solanum lycopersicum |
IL1-1 |
seedlings, two-week-old |
7914 |
4737.42 |
| S0725 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F2) |
seedlings, two-week-old , replicate3 |
8412 |
8207.59 |
| S0724 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F2) |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
20286 |
11842.4 |
| S0723 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F2) |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
10455 |
10255.7 |
| S0722 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F1) |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
22248 |
15734.5 |
| S0721 |
Solanum lycopersicum x S. pennellii |
M82 x LA716 (F1) |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
3342 |
3638.11 |
| S0720 |
Solanum pennellii |
LA716 |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
3208 |
3065.1 |
| S0719 |
Solanum pennellii |
LA716 |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
5662 |
16356 |
| S0718 |
Solanum lycopersicum |
M82 |
seedlings, two-week-old , replicate2 |
1501 |
1045.66 |
| S0717 |
Solanum lycopersicum |
M82 |
seedlings, two-week-old , replicate1 |
6822 |
9103.51 |
| S0716 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 7 days post breaker |
3607 |
1508.31 |
| S0715 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 5 days post breaker |
804 |
822.13 |
| S0714 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 3 days post breaker |
17364 |
4370.6 |
| S0713 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , breaker stage |
4239 |
1201.43 |
| S0712 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , mature green |
20765 |
5312.52 |
| S0711 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 11mm to 14mm in diameter |
4989 |
2403.19 |
| S0710 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 5mm to 7mm in diameter |
1515 |
1258.57 |
| S0709 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
fruit , 1mm to 3mm in diameter |
1261 |
714.99 |
| S0708 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
flower, open |
4163 |
1284.47 |
| S0707 |
Solanum lycopersicum |
MicroTom |
flower bud, closed bud before flower blooming |
7152 |
1877.59 |
| S0373 |
Solanum lycopersicum |
Heinz 1706 |
fruit |
124829 |
37363.1 |
| S0372 |
Solanum lycopersicum |
Heinz 1706 |
flower |
67954 |
20565.7 |
| S0371 |
Solanum lycopersicum |
Heinz 1706 |
leaf |
139323 |
41983.8 |
| hit miRNA | alignment |
|---|
| aly-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166b-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166c-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166d-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166e-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166f-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aly-miR166g-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| aqc-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ath-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bdi-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| bna-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| cme-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| csi-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC- |||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| csi-miR166e-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ctr-miR166 | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC- |||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| dpr-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ghr-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166c-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166i-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166n | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| gma-miR166o | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hbr-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC- |||||||||||||||||||||x TCGGACCAGGCTTCATTCCCCC |
| hpa-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hpe-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| hvu-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mdm-miR166i | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mes-miR166 | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| mtr-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| nta-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166b-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166c-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166d-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| osa-miR166n-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ppt-miR166i | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pta-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pta-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166i | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166j | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166k | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166l | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ptc-miR166m | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| pvu-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| rco-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| sly-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| sly-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| smo-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| smo-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| smo-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| ssl-miR166b | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| tcc-miR166a | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| tcc-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166c | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166d | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166e | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166f | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166g | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| vvi-miR166h | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |
| zma-miR166a-3p | TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ||||||||||||||||||||| TCGGACCAGGCTTCATTCCCC |