 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
Tomato miRNA M00046
| sequence | Length | miRNA family | sRNA ID | target |
|---|---|---|---|---|
| AGAAUCUUGAUGAUGCUGCAU | 21 | miR172 | S06141816 | click here |
Digital expression
| Sample | No. raw reads | RPM | |||
|---|---|---|---|---|---|
| ID | Organism | Cultivar | Tissue | ||
| S0739 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, red ripe (52 days after anthesis) | 1752 | 170.72 |
| S0738 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, breaker (42 days after anthesis) | 464 | 61.5 |
| S0737 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, mature green (39 days after anthesis) | 1827 | 213.43 |
| S0736 | Solanum lycopersicum | Ailsa Craig | fruit, immature (17 days after anthesis) | 6 | 1.29 |
| S0735 | Solanum lycopersicum | Sunny | leaf , TSWV-infected | 7596 | 560.28 |
| S0716 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 7 days post breaker | 8 | 3.35 |
| S0714 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 3 days post breaker | 26 | 6.54 |
| S0713 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , breaker stage | 5 | 1.42 |
| S0712 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , mature green | 21 | 5.37 |
| S0711 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 11mm to 14mm in diameter | 17 | 8.19 |
| S0709 | Solanum lycopersicum | MicroTom | fruit , 1mm to 3mm in diameter | 8 | 4.54 |
| S0708 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower, open | 75 | 23.14 |
| S0707 | Solanum lycopersicum | MicroTom | flower bud, closed bud before flower blooming | 54 | 14.18 |
| S0373 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | fruit | 4129 | 1235.87 |
| S0372 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | flower | 2160 | 653.71 |
| S0371 | Solanum lycopersicum | Heinz 1706 | leaf | 4461 | 1344.28 |
Hits on known miRNAs
| hit miRNA | alignment |
|---|---|
| aau-miR172 | --AGAATCTTGATGATGCTGCAT xx||||||||||||||||||||| TGAGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| aly-miR172a-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| aly-miR172b-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| aqc-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ata-miR172 | --AGAATCTTGATGATGCTGCAT xx||||||||||||||||||||| TGAGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ath-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ath-miR172b-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| bdi-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| bna-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| bol-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| bol-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| bra-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| bra-miR172b-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| cca-miR172 | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| cme-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| cme-miR172c | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| dpr-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| dpr-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| egu-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| egu-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| egu-miR172c | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| gma-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| gma-miR172b-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| gma-miR172h-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mdm-miR172d | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mdm-miR172e | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mdm-miR172f | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mdm-miR172g | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mdm-miR172h | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mes-miR172 | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mtr-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| mtr-miR172c-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172c | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172d | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172e | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172f | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172g | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172h | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| nta-miR172i | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| osa-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| osa-miR172d-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ptc-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ptc-miR172b-3p | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ptc-miR172c | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ptc-miR172f | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| sly-miR172a | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| sly-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| ssl-miR172 | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| tcc-miR172b | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| tcc-miR172e | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| vun-miR172 | AGAATCTTGATGATGCTGCAT ||||||||||||||||||||| AGAATCTTGATGATGCTGCAT |
| vvi-miR172d | --AGAATCTTGATGATGCTGCAT xx||||||||||||||||||||| TGAGAATCTTGATGATGCTGCAT |
Precursor of miRNA M00046
| genome hit of precursor | precursor | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sequence ID | start | end | strand | sequence | folding energy | miRNA* | structure |
| SL2.40ch11 | 51481209 | 51481343 | + | AUGUAGCAUCAUCAAGAUUC AUACAUGAAAAUUAAGAGGC AAGGUUAAAUAUGUAGCUUU AAUUUGAAAUGAAAAAUAUA AUAUAUCAUGACCAUGUCUA UUUAUUUCAAAGUGAGAAUC UUGAUGAUGCUGCAU |
-47.50 | NA | structure |
| SL2.40ch11 | 2634520 | 2634641 | + | CUGCAGCAUCAUCAAGAUUC ACAUAAAAUAGAAAUAAUAU GGAGUAGGAAAAAAAAUCAA GUUGCUUCUAAAUUCCAUAU UAUUAUUUUUUUUCAAAAAU GAGAAUCUUGAUGAUGCUGC AU |
-47.10 | NA | structure |
| SL2.40ch05 | 64339680 | 64339765 | + | GUGCAGCACCAUUAAGAUUC ACAUAGAAAAUAUGGAACGA AAUUUGCUCAAUUUUUCAAU AUAUGAGAAUCUUGAUGAUG CUGCAU |
-31.60 | NA | structure |
| SL2.40ch06 | 42918736 | 42918841 | + | AUGUGGCAUAAUCAAGAUUC ACGUGAAAAGUUGCAAAUUG GUUAUAUAAUUGAUGAAAUU AAUGGCUGGCUAUUUGAAAC UCACGAGAAUCUUGAUGAUG CUGCAU |
-39.80 | NA | structure |
